扬子江生态文明创新中心由江苏省政府、南京市政府与南京大学等单位共同发起成立，于2019年1月2日在南京市创新名城建设推进大会上，由江苏省副省长马秋林揭牌。
扬子江生态文明创新中心以习近平生态文明思想为指引，践行“绿水青山就是金山银山”理念和长江大保护战略要求，以流域高质量发展和生态文明建设为目标，聚焦科学问题、工程技术和生态产业化三大战略任务，通过整合南京市、江苏省以及全国、全球相关优势环境科技资源，建设成为国际一流的生态环境科技创新高地，创新要素集聚载体，科研成果转化示范，体制机制改革样板，生态文明建设智库，形成长江经济带生态文明建设可复制、可推广的“南京样板”，支撑南京“创新名城”建设与长三角高质量发展。
